但是这些人却并不清楚于孝天为什么这么做，未来要让他们这帮人去做什么，但是对于海狼的军人来说，服从命令是他们的天职，既然上峰不说，他们也不问，只是按照上峰的命令，进行训练即可。
接着理事堂下属的后勤部门，也得到了一个命令，令他们从即日起，开始储备大量的御寒用的棉衣棉被以及冬季用帐篷，另外加强粮食储备，随时可供调拨装船起运。
现在海狼的分工比起以往，更加细致了许多，海陆两军现如今各自成立了专门的后勤部，专司负责对各部进行后勤供应和补给，包括兵将们所需的军饷，也归在各部门进行统筹，而不像以前那样，粗放的一锅烩，那样不但矛盾多而且容易出现失误，现如今各自都有各自的军需仓库，各种物资都进行细化管理，一是可以减少海陆两军之间的矛盾，二是提高效率，另外还可以减少浪费。
至于军需生产方面，两个后勤部下面各有专门的军需工厂，按照预算和订单进行生产，于孝天也更容易对这些部分进行管理。
另外于孝天还要求各部门从以前粗放式管理，开始转入到更精细化的管理之中，并且从崇祯三年开始，对各部门实行预算管理。
各部门以前都是想要什么，临时提出申请，临时报批，但是在崇祯三年之后，对于扩兵和练兵以及各种装备，都要做到提前预算，并且提交议事堂进行讨论定编，然后各部门都按照预算进行执行，省的那些家伙们一时心血来潮乱拍脑袋决定，这对于海狼的各种费用支出的压力相对减轻了许多，让理事堂方面不至于临时抱佛脚，总是被搞得手忙脚乱。
对此理事堂方面的人举双手双脚欢迎这样的改变，一旦再有军将乱吵吵说给他们的配给少的时候，理事堂便直接丢出预算，把他们砸的没话可说。
还有就是为了使得两军的行动更有目的性，避免出现乱来的情况，于孝天还抽调出了一批精干人员，组成了总参谋部，和海陆两军参谋部，总参谋部主要负责对整体布局进行统筹安排，而海陆两军参谋部则根据总参谋部给出的大的方向，进行细致的安排。
另外如果遇上特殊的大规模军事或者开发行动，于孝天可以直接下令单列出一笔预算外开支，不计入原来的预算之中，如果需要两军配合行动的话，则由总参谋部直接进行筹划，并且出面协调两军，海陆两军根据总参谋部的指令，配合行动，省的两军的主将们看着对方不顺眼，相互使绊子导致贻误战机或者出现配合失误。
现如今随着于孝天在福建陆上的活动，海狼的陆军规模比之以前，有了质的提高，以前陆军总规模在于孝天接受招安之前，仅仅只有六千人左右，但是随着于孝天军权日重，在陆上驻军和用兵情况也越来越多，陆军规模随即也得到了逐步的扩大。
到了崇祯四年初的时候，于孝天直接掌控的嫡系陆军兵力，已经达到两万人，另外还有两万左右的福建本地官军，直接隶属于他掌控，这两万非嫡系官军，装备以旧式武器为主，尽少量装备南日式火枪，训练和人员情况，都和海狼嫡系人马有一定的差距。
这两万嫡系陆军，不管是装备还是训练程度，在这个时代都可以说是首屈一指，火力输出能力极为强悍，拥有一定的全天候作战能力，至于那些非嫡系的官军，虽然比之嫡系部队要差很多，但是放在福建当地乃至是整个大明国内，也算是绝对精锐了。
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